Creada el 13 de agosto del año 2007, bajo la dirección de don Miguel Cocco Guerrero (director general de Aduanas desde el 1996 hasta el 2009) quien, luchando contra el contrabando en las Aduanas Dominicanas, descubre una nave industrial con obras de grandes artistas dominicanos, y en lugar de subastarlas como se hacía en gestiones anteriores a la suya, se le ocurre la idea de llevarlas a las oficinas de las Aduanas para comenzar una colección que sirviera de patrimonio cultural para el país.
Ya Miguel Cocco conocía de ciudades europeas como Ginebra (Suiza), que posee una colección de obras de artes en su Zona Franca, al igual que en la ciudad de Hamburgo (Alemania), que cuenta con el Museo Alemán de las Aduanas.
A través de los años fue adquiriendo obras de artistas de gran renombre, incrementando la colección, que hoy cuenta con más de 600 obras desde los precursores hasta las posteriores generaciones que se suman a las vertientes contemporáneas.